Die Forschungsprojekte der Bonner Christlichen Archäologie thematisieren die Rolle des Christentums als konstituierender Faktor für spätantike, frühmittelalterliche und byzantinische Lebenswelten. Dabei werden verschiedene Aspekte in den Blick genommen, etwa die Inszenierung und Erfahrbarmachung von Heiligkeit in Spätantike und Frühmittelalter sowie die spätantike und byzantinische Sakralarchitektur. Weitere Forschungsgebiete sind die Wissenschaftsgeschichte der Christlichen Archäologie sowie die archäologische Textilforschung. Außerdem gibt es verschiedene Bonner Feldforschungsprojekte.